Dalam realitanya, penyajian laporan keuangan akan selalu terkait dengan standar pelaporannya. SAK (Standar Akuntansi Keuangan), SAP (Standar Akuntansi Pemerintah), merupakan standar akuntansi yang menjadi acuan penyajian laporan keuangan. SAK diterapkan pada entitas yang beorientasi non pemerintah. Sedangkan  SAP diperuntukkan bagi entitas yang berorientasi pada masyarakat.

Perbedaan penerapan kedua standar ini terdapat pada orientasi pelaporan dan bentuk organisasinya. SAK didefinisikan sebagai kerangka dalam prosedur penyusunan keuangan agar terjadi keseragaman dalam penyajian laporan keuangan. Sedangkan SAP merupakan prinsip-prinsip akuntansi yang diterapkan dalam menyusun dan menyajikan laporan keuangan pemerintah. Hal ini pernah di bahas pada artikel yang berjudul SAP, SAK, & PELAPORAN KEUANGAN ORGANISASI PELAYANAN KESEHATAN.

Sebelumnya, industri pelayanan kesehatan milik pemerintah menggunakan dua jenis standar pelaporan keuangan, laporan keuangan akrual basis menggunakan standar SAK sedangkan untuk cash basis menggunakan SAP. Namun pada tahun pada tahun 2010, dikeluarkan SAP Berbasis Akrual. SAP ini dinyatakan dalam bentuk PSAP dan dilengkapi dengan Kerangka Konseptual Akuntansi Pemerintahan. PSAP dan Kerangka Konseptual Akuntansi Pemerintahan dalam rangka SAP Berbasis Akrual dimaksud tercantum dalam Lampiran I Peraturan Pemerintah Nomor 71 Tahun 2010. Sejak itu standar laporan keuangan pelayanan kesehatan milik pemerintah menerapkan standar SAP. Sedangkan RS swasta tetap menggunakan SAK.

Implementasi SAP bagi RS & Puskesmas milik pemerintah daerah mengacu pada PERMENDAGRI 64 tahun 2013. Laporan keuangan untuk RS & Puskesmas sebagai SKPD terdiri dari :

1. laporan posisi keuangan (neraca),
2. laporan operasional,
3. laporan realisasi anggaran,
4. laporan perubahan ekuitas,
5. catatan atas laporan keuangan.

Bagi RS & Puskesmas milik pemerintah daerah yang menjadi BLU, selain laporan diatas juga harus membuat laporan keuangan mengacu pada PERMENDAGRI 61 tahun 2007.